Φορητές εικόνες, αποτοιχισμένες τοιχογραφίες , αποκολλημένα ψηφιδωτά δάπεδα, αρχιτεκτονικά γλυπτά, μαρμάρινες επιγραφές, ταφικά ευρήματα, χειρόγραφα, αντικείμενα αγγειοπλαστικής και μικροτεχνίας εκτίθενται στις μόνιμες εκθέσεις του μουσείου, οι οποίες οργανώνονται σε τρεις θεματικές ενότητες:
• Το παράδειγμα της Βέροιας, μια πόλη της περιφέρειας της Βυζαντινής αυτοκρατορίας και οι ποικίλες πολιτισμικές σχέσεις με μια ευρύτερη γεωγραφική ενότητα
• Η οργάνωση της πόλης: δημόσιος και ιδιωτικός χώρος
• Η θρησκευτική λατρεία

Οι εκθέσεις αναπτύσσονται στους τρεις ορόφους του μουσείου, ενώ στο ισόγειο λειτουργεί πωλητήριο.

Βασικά χαρακτηριστικά των ορόφων είναι ο ενιαίος χώρος, η δρομική γεωμετρία, τα υλικά κατασκευής -ξύλο και μέταλλο-, ο μεγάλος αριθμός των παραθύρων που δίνουν άπλετο φως και οι ορατές Η/Μ εγκαταστάσεις. Το σύνολο είναι ιδιαίτερα εντυπωσιακό και αποτέλεσε βασική παράμετρο στο σχεδιασμό της έκθεσης.
Σημαντικές παράμετροι στο μουσειογραφικό σχεδιασμό ήταν επίσης ο χαρακτηρισμός του κτηρίου ως μνημείο της νεότερης ιστορίας της πόλης, με ζητούμενο να διατηρηθεί ορατή για τον επισκέπτη η εσωτερική δομή και κατασκευή του και οι θεματικές ενότητες στις οποίες οργανώθηκαν τα εκθέματα, σύμφωνα με τη μουσειολογική μελέτη. Η κάθε ενότητα περιλάμβανε ποικιλία εκθεμάτων, τα οποία με την τοποθέτηση και προβολή τους θα έπρεπε να αποδώσουν με τον κατά το δυνατόν πληρέστερο τρόπο, το θέμα της ενότητας. Ζητούμενα λοιπόν στο σχεδιασμό της έκθεσης ήταν η αρμονική συνύπαρξη περιεχομένου και κελύφους και με κυρίαρχο στόχο την προβολή των εκθεμάτων.