Η μονή της Παναγίας Πορφύρας κτίσθηκε στο νησάκι του Αγ. Αχιλλείου περί τα τέλη του 15ου αι., όταν η βυζαντινή πολιτεία στο νησί άρχισε να εγκαταλείπεται και να επεκτείνεται ο μοναχισμός. Λειτούργησε μέχρι το 1941, οπότε βομβαρδίστηκε και εγκαταλείφθηκε.

Πολλά από τα προσκτίσματα της μονής σώζονται ως ερείπια. ενώ ο ναός, ο οποίος επλήγη επίσης από τους βομβαρδισμούς, επισκευάσθηκε με την ανακατασκευή του βόρειου τοίχου το 1954 και της στέγης στη δεκαετία του 1980.

Ο ναός, λόγω των εκτεταμένων επισκευών, ήταν σε σχετικά καλή κατάσταση. Σοβαρό πρόβλημα παρουσίαζε ο μεσότοιχος κυρίως ναού νάρθηκα, στον οποίο υπήρχαν έντονες διαμπερείς ρωγμές. Περιορισμένες ρωγμές παρουσίαζαν επίσης οι τοιχοποιίες του νάρθηκα. Έντονη υγρασία και πολλές κακοτεχνίες από πρόσφατες επισκευές διαπιστώθηκαν στο νότιο τοίχο. Ο υπόλοιπος μοναστηριακός χώρος ήταν σε κακή κατάσταση με άναρχη βλάστηση σε μεγάλο ύψος, ετοιμόρροπους τοίχους και διασκορπισμένο οικοδομικό υλικό.

Στόχος των εργασιών ήταν η στερέωση και αισθητική αναβάθμιση του ναού και η διευθέτηση του μοναστηριακού χώρου, ώστε να είναι επισκέψιμος και ασφαλής για τους επισκέπτες.

Στο πλαίσιο αυτό έγινε στερέωση των τοιχοποιιών του καθολικού με αρμολογήματα και περιορισμένης έκτασης ενέματα, προληπτική συντήρηση τοιχογραφιών και κατασκευάσθηκε αποστραγγιστικό δίκτυο σε επαφή με το νότιο τοίχο, αφού προηγήθηκαν ανασκαφικές εργασίες. Παράλληλα, έγιναν ανασκαφικές έρευνες, κατά τις οποίες αποκαλύφθηκε η θεμελίωσης της βόρειας στοάς, η οποία στερεώθηκε και διατηρήθηκε ορατή για τον επισκέπτη. Στον υπόλοιπο μοναστηριακό χώρο έγιναν εκτεταμένοι καθαρισμοί, προσωρινή στερέωση των ετοιμόρροπων τοιχοποιιών και συγκέντρωση – διευθέτηση του οικοδομικού υλικού, προκειμένου να επαναχρησιμοποιηθεί σε μελλοντικές εργασίες αποκατάστασης της μονής.