Η βασιλική του Αγ. Αχιλλείου, λαμπρός, μεγάλων διαστάσεων ναός, κτίσθηκε περί το 1000 στο ομώνυμο νησάκι της Μικρής Πρέσπας, λειτούργησε μέχρι τις αρχές του 15ου αι., οπότε εγκαταλείφθηκε και σταδιακά ερειπώθηκε. Ήταν τρίκλιτη, ξυλόστεγη βασιλική με νάρθηκα. Τα κλίτη της χωρίζονταν με ψηλές πεσσοστοιχίες, με δύο σειρές τόξων καθύψος. Επτά είσοδοι οδηγούσαν στο ναό, από τις οποίες πέντε στο νάρθηκα και ανά μία στο βόρειο και νότιο κλίτος. Στην κόγχη του ιερού αναπτυσσόταν το σύνθρονο, με οκτώ ζωγραφισμένες με κόκκινο χρώμα αψίδες και ανάμεσά τους αναγεγραμμένες οι έδρες των επισκόπων που υπάγονταν στην Αρχιεπισκοπή της Αχρίδας. Στο κέντρο βρισκόταν ο επισκοπικός θρόνος. Εντυπωσιακά ήταν τα παραβήματα, τα οποία στεγάζονταν με τρούλο. Εσωτερικά ο ναός ήταν τοιχογραφημένος. Ελάχιστα τμήματα τοιχογραφιών διατηρούνται σήμερα επί τόπου, ενώ μερικές ακόμα τοιχογραφίες που διασώθηκαν και κινδύνευαν να καταστραφούν αποκολλήθηκαν, συντηρήθηκαν και εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο της Φλώρινας.

Εκτεταμένες ανασκαφικές έρευνες και σωστικές εργασίες έγιναν στο μνημείο από τον καθηγητή κ. Ν. Μουτσόπουλο στη δεκαετία του 1960. Παρόλα αυτά, οι δυσμενείς καιρικές συνθήκες επιβάρυναν σημαντικά την κατάστασή του. Σημαντικότερα ήταν τα προβλήματα ευστάθειας σε τμήμα της βόρειας πεσσοστοιχίας, της οποίας οι πεσσοί σώζονταν σε μεγάλο ύψος, ασύνδετοι όμως μεταξύ τους.

Πώς προστατεύουμε το μνημείο, ερείπιο σήμερα, από τις δυσμενείς καιρικές συνθήκες και μέχρι ποιο σημείο μπορεί να προχωρήσει η ανακατασκευή τμημάτων της ανωδομής ήταν τα κεντρικά θέματα στις εργασίες αποκατάστασης και ανάδειξης.

Φωτογραφίες του 1899, σκαριφήματα και ίχνη στις τοιχοποιίες επέτρεψαν την ασφαλή αναπαράσταση και ανακατασκευή της πρώτης σειράς τόξων τμήματος της βόρειας πεσσοστοιχίας και τμήματος του διακονικού. Αρμολογήθηκαν οι τοιχοποιίες στο μεγαλύτερο ποσοστό τους με νέο κονίαμα, συμβατό με το αρχικό, καθαιρέθηκαν οι στέψεις των τοιχοποιιών από σκυρόδεμα, ακολούθησε επάλειψη με υγρομονωτικό υλικό και κτίσθηκε μία πρόσθετη σειρά λίθων (sacrifice layer) σε παρεμφερή δόμηση με την αρχική, για την προστασία των υποκείμενων τμημάτων των τοιχοποιιών από την εισροή ομβρίων.

Η επισκευή δαπέδου, από μαρμάρινες πλάκες σε δεύτερη χρήση, έγινε τμηματικά και περιλάμβανε απομάκρυνση των πλακών, ύστερα από σχετική αρίθμηση, συμπύκνωση και ευθυγράμμιση του υφιστάμενου εδαφικού υλικού και επανατοποθέτησή τους στην ίδια θέση. Στα ελλείποντα τμήματα, προστέθηκε νέο εδαφικό υλικό για την ευθυγράμμισή τους, το οποίο συμπυκνώθηκε επίσης και ως τελευταία στρώση τοποθετήθηκε διαβαθμισμένο αμμοχάλικο.